化学生物学与分子工程教育部重点实验室是依托山西大学生物技术研究所、分子科学研究所及中医药现代研究中心建立起来的，实验室设置实验室主任一人，现由李卓玉教授担任，负责重点实验室公共事务的决策与处置。

实验室采用实验室主任领导下的所长负责制运作模式，采用“统一规划、分头部署、协同管理”的运行机制。各所所长为各自单位所有非公共事务的主要负责人。公共事务由实验室主任与各研究所领导协商决定后交由相关人员完成和处理，包括运行经费管理、公共设备购置、公开学术活动、公众开放活动安排及年鉴编制等工作。

实验室为科研型特色实验室，一应管理、安全、教学等事务均按照各研究所相关安排进行处理，不再另设负责人及制定相关制度。